От качества внедрения системы в структуру предприятия зависит скорость адаптации интегрируемого программного продукта и скорость его освоения сотрудниками предприятия. В случае некорректного внедрения системы заказчик идет на риск дополнительных издержек вследствие возникновения перебоев в работе и беспорядка в ее организации.